硅藻土濾料的過濾精度相比石英砂更高，價格也能在使用方承受的合理范圍，同時我們也清楚，硅藻土實際上并不是目前國內游泳池水處理系統方案的較好選擇。
1、硅藻土過濾材料是細小的顆粒，在日常投加濾料的過程中，一定會有部分濾料的粉塵，懸浮在空氣中，被吸入人體，會對操作人員的呼吸系統造成明確的危害。
2、硅藻土的顆粒較小，如果直接隨反沖洗污水排入市政污水管道，絮凝物可能會堵塞市場管道。在國外使用硅藻土作為過濾介質，會明確要求對污水中的硅藻土進行分離并壓制成固體垃圾再處理，不允許直接排放。
3、商業泳池和大型泳池在使用硅藻土時，需要配備回收專業設備，這些設備不僅投資高，占地面積大，運行的成本也高，而且廢棄硅藻土垃圾的處理，也不能像處理普通生活垃圾一樣，增加了游泳池水處理操作的復雜性，對后期游泳場館的運營和水質維護等工作埋下隱患。
4、如果采用硅藻土濾料，游泳池水處理就無法實現逆流式過濾，所以也就無法解決泳池表面漂浮物、布水不均勻以及防吸附等安全隱患問題。
5、因為一般情況下硅藻土中所含二氧化硅占大多數，其它少量無機鹽類為氧化鋁、氧化鐵。當硅藻土從礦床中開采出來時，還含有大量泥沙及雜質。
因此如果使用到質量不過關的硅藻土濾料，不僅不能起到過濾助劑的作用，還可能會導致水中鐵、錳等金屬離子的濃度升高，從而影響泳池水的衛生安全，不利于游泳池運營和游泳池維護管理。